整个空间中最醒目的元素就是由彩绘玻璃装饰的空间和玻璃窗格。绿色、蓝色、橙色和红色的方形玻璃拼成的隔板，插入人字形衡量之间，以及楼梯空间的两侧，表现出现有木质结构的几何形状，同时彩色玻璃窗格也暗示着这里过去作为一座教堂的历史。

墙内开花墙外香。除了供应教堂的彩绘玻璃，土山湾孤儿院也接受社会机构和个人的订单。正因如此，目前上海保留下来的有迹可循的土山湾彩绘玻璃都位于公共或是私人建筑上。按照时间先后，分别位于：原法国总会（南昌路47号）和原私人住宅（余庆路190号和瑞金宾馆总统楼）。
哥特式的教堂彩绘玻璃，是伴随着哥特式建筑的兴起和基督思想的兴盛产生的。而丹纳在艺术哲学里充满激情的会写道，彩色玻璃中投入的光线变成血红的颜色，变成紫英石与黄玉的色彩，成为一团珠光宝气的神秘火焰，就像通往天国的窗户。这就完美的覆盖且简单的说明了彩绘玻璃的美了。